エラーログに耐えられなくなって調べたところ、WSDDが無い場合、デフォルトでorg.apache.axis.server.server-config.wsddが読み込まれるようなので、だったらこのファイルをあらかじめWEB-INF配下においとけばエラーでずに同じ動作になるんでは！！ってことで、置いてみたらうまくいきました。
なお、org.apache.axis.server.server-config.wsddはAxisのjarに含まれています。
これで気兼ねなくS2Axisでデプロイしまくりです。
参考：WebServices - Axis システム統合ガイド # 設定
