IE6の状態で、SP3を入れると、JScriptのバージョンが5.6だったのが5.7にあがりました。
てっきりIEと同期が取られるものと思ってた(Multiple Explorersなどのイリーガルな環境を除く)のですが、JScriptはIEのバージョンに関係なく更新されることがあるんですね。
JScriptのバージョンでIE6以下を判断しているコードがあって、今回問題があることがわかったので、、
var ie6 = false /*@cc_on || @_jscript_version < 5.7 @*/
下記のように変更しました。
var ie6 = (typeof document.documentElement.style.maxHeight == "undefined");
参考