ftさんからのコメントで、「4100件超えたあたりから取得ができなくなってしまいました」とのことで、試しに6000件くらいブックマークを入れて調査してみたところ、、
確かにdel.icio.usの全ブックマークを返すAPI(http://del.icio.us/api/posts/all)の反応が悪くなり、応答が帰ってこないことも多々発生しました。
del.icio.usのAPI側の問題なので、こちらではどうにも対応できないのですが、、、
毎回取得出来ないって事は無いと思うので、一定時間まっても取得出来ない(All Bookmarks Loading... が表示されたまま)場合は、ウインドウ落として再度実行してみてください。
もしも、何度やっても取得出来ないって場合には、別問題の可能性があるので、試しにhttp://del.icio.us/api/posts/allをブラウザから開いてみて、XMLが取得出来るかご確認お願いします。
ブラウザ側でブックマークをキャッシュしておく機能は、こういったストレスをなくすことが出来るので、やっぱ入れて良かった…(Greasemonkeyのおかげです)