ファイル名にバージョン番号が付与されている方が多い気がしますが、付与されていない場合も多々あって、、
付与されていないと、jarで配布されているライブラリのバージョンを調べるのに、jarに含まれるマニフェストファイルを開かなければならないので、結構手間だったりします。
また、ファイル名に付与しておくことにより、バージョンの取り違いを防げます。(Axisのjarで、間違えた経験ありです…)
付与されていないjarを使う場合でも、自分の手でファイル名を変えてバージョン番号を付けておいた方が、管理しやすいと思ってそうしてます。