スマートフォン向けとPC向けで広告サイズを切り替えたい場合、広告サイズで「レスポンシブ広告ユニット」を選ぶと、表示されている画面サイズに応じて、広告を切り替えてくれます。
はてなBlogのように、スマートフォン向けとPC向けのデザインを分けて設定できないような場合に、JavaScriptやCSSで動的に切り替えるようなものを書かなくても、これで大丈夫です。
実際、このBlogで設定してみたところ、PCだと「ビッグバナー(728×90)」、スマートフォン(iPhone5sで確認)だと「レクタングル(中)(300×250)」になっているように見えました。